Le mont Fuji est "fermé" en cette saison, et tu ne pourras pas aller au-delà de la 5ème station (accessible en
bus), où tu n'auras probablement pas grand-chose à faire... Attend plutôt Juillet/Août si tu veux aller en haut.
Une journée à Kyoto, avec le Shinkansen c'est jouable, mais si tu veux rentabiliser ta visite il vaut mieux rester deux ou trois jours. En pleine saison, je m'en étais sorti pour 30 000Y
train + 2 nuits d'hôtel via la branche voyages de JR. Tu peux peut-être espérer trouver moins cher à cette période de l'année.
Pour les temples à visiter, il y en a énormément d'incontournables, citons le Kyomizu Dera (mon préféré), le Kinkaku, Ginkaku, Ryoan, ... le
jardin impérial est aussi agréable. Pour le bus, tu trouveras facilement des brochures en anglais avec les temples principaux et les lignes à prendre... Elles sont sûrement disponibles sur le net, mais je ne sais pas où.
Edit: pour la sortie Mont Fuji, tu as aussi l'option "
Onsen à Hakone" qui doit être très viable en cette période.