Tout est une question de moyenne. Personne n'a dit que le Japon était le paradis des voyageurs et la France une atrocité au quotidien.
Si je me base sur mon expérience, dans le métro et le RER parisien, on a quand même plus souvent qu'au Japon des incivilités "lourdes" qui embêtent tout un wagon, comme celles que cite LoosingGrip. Après, il est certain qu'au Japon les gens commettent également des incivilités "discrètes" comme l'exemple du type qui saute sur la place libre. Mais en France aussi, on en voit.